一、书院命名由来
南京四牌楼东侧街道称“成贤街”，其北通鸡笼山，南连碑亭巷。此地办学历史源远流长，千百年来皆是读书求学的好去处，为江南人文渊薮之地。“雍”意为学宫，古之大学；“南雍”是明代设在南京的国子监，东南大学四牌楼校区正筑基于其上，“风起南雍，继往开来，文脉不绝”，这是东大人求学治学的精神基因，更是无数学子崇高的实践追求。
东南大学新生学院南雍书院成立于2025年6月，即以四牌楼校区“明国子监”历史文脉为根基，更以“南雍”将六朝烟水、明清太学与近现代高等教育的文明脉络串联起来。作为大类新生的文化摇篮，南雍书院聚焦人文等大类新生培养，将引领新生深度挖掘以四牌楼为中心的南京城区优质文化育人资源，传承东大历史文脉，引领新生从文化认知到文化实践，发挥“文脉守护者”与“创新策源地”的重要作用。
二、组织架构
南雍书院设院务委员会，由书院院长、各专业院系分管学生工作的党委副书记和分管本科教学的副院长、书院办公室管理人员（含辅导员和教学秘书）组成，在新生学院统筹管理下负责书院的运行与人才培养工作，并协调书院与专业院系的育人资源，促进通专融合。书院设党支部，负责书院党建工作；书院还设团总支，负责书院团组织建设工作。
南雍书院院长为东南大学学术委员会副主任、东南大学人文学院学术委员会主任委员、二级教授、博士生导师，中国伦理学会第十届理事会副会长王珏老师。
三、育人理念
南雍书院秉持“明德守正，文脉传新”的育人理念，引领学生传承历史之美、展望未来之愿。南雍书院承担文科试验班、政治学与行政学、哲学、设计学类、英语、日语、俄语、英语（英语+信息工程双学士学位项目）、日语（日语+电子科学与工程双学士学位项目）等本科新生的人才培养工作。书院采用通专融合的培养模式，致力于培养具有精深的人文专业知识和广阔的国际视野、能够运用多种语言从事学术研究、知识创造、传承和发展中国优秀传统文化、推动新人文学术创新的时代新人。